Die Schule besteht an dieser Stelle seit 1964, zunächst als Volksschule, seit 1976 als Grundschule.
Der Name der Schule geht auf Johann Hieronymus Schroeter zurück. Sie erhielt ihn 1976 auf Antrag des Heimatvereins und der Gemeinde Lilienthal. Schroeter, 1745 in Erfurt geboren, lebte von 1782 bis 1816 in der Gemeinde Lilienthal und war dort als Oberamtmann und Astronom tätig. Sein Name ist mit Lilienthal untrennbar verbunden.